本(28)日民眾黨總統參選人柯文哲於臉書發表「文蛤養殖地上蓋滿光電板，到底要犧牲多少農地跟生態環境」批評漁電共生政策。對此漁業署表示，未來的能源朝向綠能發展，係各界都認同的方向。漁業署秉持行政院綠能發展的能源政策，以「養殖為本，綠能加值」為主軸，不會犧牲農地與環境，並創造環境、養殖產業、綠電能源三贏。

漁業署說明，漁電共生案場之設置，係由經濟部透過環境社會檢核機制，將沒有影響環境、社會議題的區位，會同農業部公告為先行區、優先區及關注減緩區，在該等區位才能設置漁電共生案場。為確保漁電共生案場營運後所需的養殖技術，已由農業部水產試驗所組成技術輔導團隊，就發生養殖物不明原因死亡，協助釐清原因，並適時提供養殖技術輔導。

漁業署進一步說明，為確保養殖產業的人才永續，政府已有訂定公版契約，由農業部及經濟部共同要求地主、原承租養殖戶及光電業者落實履行三方契約，以確保原有養殖者權益。另結合太陽能電板適當的鋪設，可以因應強降雨、低溫等極端氣候，及防止外界帶來的疫病問題，穩定養殖生產環境，確保收益。

漁業署指出，為避免真種電假養魚，已提供「漁電共生案場養殖事實查核參考依據」予各地方政府查核養殖事實；對於臉書所貼照片，經查係台南北門地區農地變更的光電案場，非屬漁電共生案場。漁業署強調，將持續秉「養殖為本、綠能加值」，穩健推動漁電共生。