面對氣候變遷與國際貿易競爭挑戰，農業部水產試驗所多年來透過研究團隊深入雲林、嘉義與臺南等主要牡蠣產區進行實地調研，建立長期的疫病背景資料庫，最新研究顯示，114年臺灣西部沿海主要病原「類馬爾太蟲(Marteilioides chungmuensis, MC)」的檢出率已較往年顯著降低，大幅提升國產牡蠣的品質與育成率，協助產業建立生產韌性。

水試所指出，類馬爾太蟲是近年國產牡蠣減產的主因之一。監測資料顯示，高水溫會顯著提高該病原感染率，當環境壓力與疫病威脅交織，即成為導致牡蠣大規模死亡的關鍵風險因素。112-114年調查結果顯示，臺南地區之類馬爾太蟲檢出率從113年高點29.04%顯著降至12.74%，由每串牡蠣存活數平均增加86顆，育成率提升36.6%；雲嘉地區的檢出率從22.58%同步下降至12.73%，每串牡蠣存活數平均增加10.2顆，育成率提升12.83%。水試所分析，除了養殖戶積極配合生產調適外，113年底康芮颱風後的蚵棚密度調整，減少了新舊苗間的交互感染，是檢出率大幅改善的關鍵因素。

為協助漁民降低疫病風險並穩定收益，水試所將長期監測與實地調研成果轉化為具體生產調適建議，包括調整放養期，建議區隔中蚵與新苗的放養時間與位置，降低不同期別蚵苗交互感染風險；精選優質種苗，建立具信譽的種苗來源名單，並於放養前檢視中蚵苗生殖腺與幼苗成長狀況，以提升整體養殖穩定度；環境壓力監測，參考水溫監測資料適時調整養殖密度，如遇高溫或疫病好發季節，可視情況降低放養密度或提前採收，以降低養殖風險。

水試所強調，透過監測預警與實務管理的結合，協助漁民及早因應環境變化，進一步提升國產牡蠣產業的生產韌性與競爭力，朝永續發展目標邁進。